由于電池包水冷散熱冷卻裝置在運行的過程中，防塵網和冷凝器翅片是很容易吸附灰塵和雜物，若長時間不清理，就會影響機器的散熱性能。

這時，若是長時間不清洗保養，就會導致電池包水冷散熱冷卻裝置的制冷效果降低。要想電池包水冷散熱冷卻裝置能夠正常運作，延長使用壽命，提高電池包水冷散熱冷卻裝置運行的制冷效果，顯然需要定期維護和保養。

此時，機油不會聚集在冷凝器中，而是通過膨脹閥進入蒸發器。油會粘在蒸發器換熱銅管上，導致蒸發器蒸發效果差，蒸發器內壓力低。同時，壓縮機的吸入過熱度很低，甚至制冷劑液體直接吸入蒸發器，同時壓縮機排出的溫度很低，油和制冷劑無法分離，這樣的惡性循環會使所有的油聚集在蒸發器中，由于供油不足，壓縮機會發出巨大的噪音，甚至電池包水冷散熱冷卻裝置油分離器的油位報警也會停機。

電池包水冷散熱冷卻裝置的油分離器中沒有油的痕跡，所有的油隨著排氣進入冷凝器。如果水溫繼續偏低，所有的油都會聚集在冷凝器中，膨脹閥也會被堵塞。由于液體供應不足，蒸發器中的壓力將開始下降，直到低壓警報停止。

電池包水冷散熱冷卻裝置運行時，如果工作環境室溫溫度過高，會對電池包水冷散熱冷卻裝置的正常散熱有一定的影響，從而降低電池包水冷散熱冷卻裝置的制冷效率。所以，建議在使用過程中，也要注意環境溫度對它運行效率的影響。

制冷量不足，與冷卻設備的選型不符。一般客戶在選型的時候，有可能會根據自身的使用經驗來購買電池包水冷散熱冷卻裝置，但也有部分用戶購買電池包水冷散熱冷卻裝置時選型不符，導致制冷量跟不上設備的發熱量，無法有效對設備實現控溫，這時則需要通過更換更大制冷量的電池包水冷散熱冷卻裝置來解決。