醫藥制熱低溫機組是主要應用在工業處理上，是以制冷劑為介質，將其它需要冷卻的儀器或設備產生的熱量傳遞出來，通過制冷系統將熱量散發到設備外部，從而保證設備在正常的溫度范圍內工作。

醫藥制熱低溫機組冷凝器結垢或堵塞也可能導致設備故障，如果不是密閉系統的話，灰塵異物很容易進入冷卻水系統，造成冷凝器臟堵，換熱面積小，效率低，而且也影響水流量，所以，應定期對機組進行反沖洗，必要時進行化學清洗除垢。且設備一旦制冷劑充注過多也可能導致高壓故障，吸排氣壓力、平衡壓力都偏高，壓縮機運行電流也偏高。

醫藥制熱低溫機組需要注意斷流器跳閘后不能輕易合閘，更不能跨接斷流器直接啟動電動機，須對醫藥制熱低溫機組的電動機和接線進行仔細檢查，并且查清楚跳閘的原因及正確處理完成后，才可以將閘合起來。

如果醫藥制熱低溫機組是需要常規停止（注：非長期停機）時，不能隨意切斷電源，要保持箱中的加熱器在臨時停機期間始終保持通電加熱狀態。

在運行的時候，遇到停機的話，注意吸氣超低壓、排氣高溫和小流量故障排除后會自動復位，當自動復位后，按停機開關，才能回復重新開機。如果故障排除后，需要按保護開關上的手動復位按鈕，然后按停機開關后才可以進行重新開機操作。

醫藥制熱低溫機組在運行的時候，操作者還需要記錄其運行的狀況，隨時查看是否有無雜音，長時間使用之后就需要定期體檢以及保養。