生物制藥加熱循環機在運行中，設備內部的溫度的改變會造成冷凝壓力變化。特別是夏季冷凝壓力的偏高，會導致壓縮機功耗的不斷增高，導致制冷量逐漸下降，間接的使設備循環性變差，適當降低冷凝壓力是需要進行的。

那么，冬季機組冷凝壓力過低，節流閥供液動力不充沛，高壓液管受到加熱因素的不斷影響，他們都會降低節流閥的能力，所以需要控制生物制藥加熱循環機的冷凝壓力。所以，全年性控制冷凝壓力是需要的。

通過調節冷凝器的熱交換能力可對冷凝器的壓力進行控制。當冷凝器換熱大時，壓縮機排出的氣體得以充分的凝結，冷凝壓力逐漸的下降；削弱冷凝器換熱性能，則冷凝壓力不斷上升。

生物制藥加熱循環機的水冷式冷凝器可以調節冷卻水流量的控制冷凝壓力。在冷凝器冷卻水出口管上安裝調節閥。水量調節閥有兩種模式：一種是用冷凝器冷卻水出口處溫度間接發信的溫度式水量調節閥。它有一個感溫包，插在冷凝出水口出。當水溫升高時，閥開大；水溫降低時閥關小。另一種是用冷凝壓力直接發信的壓力式水量調節閥，從冷凝器引出壓力信號。當冷凝壓力逐漸升高時，閥門開大；冷凝壓力降低時，閥門關小，從而改變冷凝器的冷卻水流量。

還有一種特殊情況可采用自帶裝的冷卻塔循環系統，為防止冷凝壓力過低，可以用水量旁通閥調節，它使冷凝器出來的水一部分送冷卻塔冷卻，另一部分則回到旁通回入水口。

對于生物制藥加熱循環機，如果用多臺泵并聯，還可以根據冷凝壓力的不斷變化，改變水泵運行的臺數，以調節流量。